Document Type : Paper, English
Authors
1
Department of Biosciences, Chandigarh University, Mohali 140413, Punjab, India
2
Department of Biosciences, Chandigarh University, Mohali, Punjab, 140413, India
Abstract
We present the characterization of the entomopathogenic nematode isolate LD_CU, and its associated symbiotic entomopathogenic bacterium. BLASTn analysis of the ITS rRNA sequence of the nematode revealed 100% similarity with Steinernema siamkayai, confirming conspecificity. The pairwise alignment showed no nucleotide differences with the type population of S. siamkayai. Phylogenetic analysis based on ITS rRNA gene sequences supported these findings, placing isolate LD_CU in a monophyletic clade with S. siamkayai, which forms a sister clade with S. huense, S. cumgarense, S. tami, and S. minutum. Biochemical tests identified the associated bacterial symbiont as Xenorhabdus stockiae. The isolate tested negative for oxidase, catalase, nitrate reductase, O-Nitrophenyl-β-D galactopyranoside (ONPG), methyl red, tryptophan deaminase, indole production, ornithine, lysine, citrate, malonate, hydrogen sulfide, acetoin, and phenylalanine deaminase, but positive for urea and esculin hydrolysis, motility, and acid production from glucose fermentation. The bacteria exhibited neutral red adsorption on MacConkey agar and formed brownish pigmented colonies on nutrient agar. Molecular characterization using 16S rRNA gene sequences revealed 100% similarity with X. stockiae and 90% similarity with X. innexi, indicating significant divergence from other Xenorhabdus species. Phylogenetic analysis showed a close relation to X. stockiae VP-2016b and distinct differences from X. innexi DSM 16336T. Pairwise alignment confirmed no nucleotide differences between the present bacterial strain and X. stockiae. This detailed and comprehensive profiling supports the accurate identification of Steinernema siamkayai and its bacterial symbiont, Xenorhabdus stockiae, and contributes valuable information to the taxonomy and phylogeny of these organisms.
Graphical Abstract
Keywords
Main Subjects
Article Title [Persian]
رویکردی جامع در شناسایی نماتود بیمارگر حشرات Steinernema siamkayai و باکتری همزیستش، Xnoehabdus stockiae با استناد به داده های مولکولی و فنوتیپی
Authors [Persian]
-
لادویی درما
1
-
کریشناپریا اکرام
2
-
عاشق حسین بهات
1
1
گروه علوم زیستی ، دانشگاه چاندیگراه ، موهالی ، پنچاب، هندوستان
2
گروه علوم زیستی ، دانشگاه چاندیگراه ، موهالی ، پنچاب، هندوستان
Abstract [Persian]
در این تحقیق، جدایه LD_cuنماتود بیمارگر حشرات و باکتری همزیستش، تعیین مشخصات شدند. تجزیه و تحلیل BLASTn توالی ITS نماتد، همسانی 100٪ این نمونه با Steinernema siamkayai را نشان داد. هم ترازی جفت جفت توالی‌ها نشان داد که هیچگونه اختلاف نوکلئوتیدی بین ناحیه ژنی ITS این نماتود با گونه S. siamkayai وجود ندارد. ارزیابی شجره شناسی بر اساس توالی ژن ITS نیز این یافته را تایید نمود و جدایه LD_CU و گونه S. siamkayai در یک شاخه تک نیا قرار گرفتند و با گونه های S. huense، S. cumgarense، S. tami و S. minutum یک شاخه خواهری شکل دادند. آزمون های بیوشیمیایی نشان داد که باکتری همزیست، گونه Xenorhabdus stockiae می‌باشد. جدایه باکتری از لحاظ واکنش های اکسیداز، کاتالاز، احیای نیترات، او نیتروفنول-بتا- دی گالاکتوپیرانوسید (ONPG)، متیل قرمز، تریپتوفان دآمیناز، تولید ایندول، اورنیتین، لیزین، سیترات، مالونات، سولفید هیدروژن، استوئین، و فنیل آلانین دآمیناز، منفی بود. اما واکنش آن برای هیدرولیز اوره و اسکولین، تحرک و تولید اسید از تخمیر گلوکز، مثبت است. جدایه باکتری جذب قرمز خنثی را روی MacConkey آگار نشان دادند و کلنی آن، رنگدانه ای قهوه ای را روی محیط آگار تشکیل دادند. شناسایی مولکولی با استفاده از توالی ژن 16S موید همسانی 100 درصدی با X. stockiae بود در حالی که با X. innexi 90 درصد همسانی نشان داد که این حکایت از واگرایی قابل توجه این گونه باکتری از سایر گونه های Xenorhabdus است. تجزیه و تحلیل شجره‌شناسی نشان داد که جدیه باکتری ارتباط نزدیکی با X. stockiae VP-2016b دارد ولی از گونه X. innexi DSM 16336T تمایز قابل توجهی دارد. هم ترازی دو به دو توالی 16S نشان داد هیچ تفاوت نوکلئوتیدی بین این جدایه باکتری و X. stockiae وجود ندارد. این مطالعه، شناسایی دقیق و جامعی از نماتود بیمارگر حشرات، Steinernema siamkayai و همزیست باکتریایی آن، Xenorhabdus stockiae بوده و اطلاعات ارزشمندی را به موضوع طبقه‌بندی و فیلوژنی این گروه اضافه می کند.
Keywords [Persian]
-
BLAST
-
ITS rRNA
-
Steinernema siamkayai
-
Xenorhabdus stockiae
-
16S rRNA
)
)
Send comment about this article